ישיבת ההסדר בנתיבות הוקמה בשנת תש"ס (2000) והיא מונה כיום  100 תלמידים. הישיבה משמשת גם כמרכז הרוחני של הגרעין התורני בעיר המונה יותר מ -  70 משפחות.

מטרת הישיבה היא גידול תלמידי חכמים יראי שמים, בעלי תודעה חלוצית, רוחב דעת ולב, שידעו לחבר בין הלימוד לעשייה. הישיבה רואה בלימוד התורה כלי בלעדי, לבניית אישיותם של תלמידי החכמים, העוסקים בחיבור האמונה לפרטים הקטנים, בצד המהותי ובצד ההלכתי. הישיבה שמה דגש על בנית התלמיד מהבסיס, מתוך מטרה לגדלו ע"פ סולם ערכים שבראשו עומדות הדבקות בה' וההליכה בדרכיו. זאת, מתוך אמונה שלימוד התורה בדרך זו יגדל בוגרים החיים חיי תורה משמעותיים, תוך תיקון המידות, שליחות חינוכית והרגשת אחריות כלפי כלל ישראל, בהמשך חייהם.